在人类被迫躲入地下的世界，一位拥有黑色机甲的天才少女开始质疑控制所有人的“贤伴”系统。
第二季紧接第一季结尾，主角零士和她的黑色机甲“冥府”在揭露了“贤伴”系统部分真相后被上层势力通缉。她们逃往地底更深处的“遗忘之都”，那里住着被系统抛弃的底层人类和产生自我意识的AI。零士发现，所谓保护人类的“贤伴”，其实是以吸取人类的情感波动为能源来维持超级计算机的运行。第二季中，零士必须在自己仅存的人性与成为纯粹“武器”之间做出选择。与此同时，天上传来广播：一颗陨石即将在七天内撞击地球，只有回到地面进入新的“方舟”才能存活，而这很可能是一个巨大的谎言。
第二季全面升级了世界观，从反乌托邦转向了存在主义探讨。机甲战斗不再是单纯的炫技，每场打斗都充满了理念的碰撞。零士的内心挣扎刻画得丝丝入扣，结尾的抉择大胆而震撼，彻底颠覆了传统英雄叙事。
弗莱迪这次面对的少女拥有“清醒梦”能力，她在梦里创造出一面无法被跨越的镜子迷宫，困住了恶灵。
1960年代金门小岛上，一名菜鸟新兵在八三一特约茶室中，窥见了大时代下最残酷的情欲与温柔。
灵媒伊莉丝在一次针对老人的降灵中，无意中打开了通往“进一步”的大门，引来了恶灵。
一座废弃二十年的游乐园重新开放，门票是一张手写的“家庭作业”。
一架跨洋货运机在平流层里突然“多出”一个座位，机组成员必须在氧气耗尽前弄清楚那位神秘乘客是谁。
女建筑师发现自己的完美男友其实是个连环跟踪狂，而他的上一个目标，正在监狱里等着她主动联系。